Etiketter

Summa sidvisningar

Leta i den här bloggen

tisdag 27 september 2022

Valaiseva artikkeli hexosaminitien preijauksesta sivutietä, ehkä myös Covid-19 infektiossa. "IRF-kingdom"

Eräs kuva, jossa on IRF-5. 
 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1251617/ 

Hexosaminitien  vääriltä raiteilta  muodostunee niitä  erittäin  vaikeaa koronapandemiaa sairastavien keuhkoja tukkivat hyytelöt ja nesteet . Samalla kun päätie glykolyyttiseen energian luomiseen  ohittuu,  estyy myös  glutamiinin palautuminen  aminotyppirikkauteensa. Siis mikään aminohappo ei ota irtoavaa vastaan deaminaation  ammoniumia.   Korkeassa pitoisuudessa ammonium  edistää   fruktoosi-6-fosfaatin isomeroitumisia ja myös       heksosaminimuodon  syntyä. Tässä   ei ole  glutamiinisyntetaasia.  Näin on  käynnissä  jokin  devioitunut tie kohti UDP-GlucNAc  (josta on myös  mm  hyaluronihappoon ym produktiin  johtava reitti)  ja siinä tiessä    sitä metabolinen  flux  fruktoosi-6-fosfaatin ja  kertyvän  ammoniumin suhteen.   ( Fysiologisesti HBP tietä    esiintyy embryon ja munasolun   kehityksessä.) Kuitenkaan tien aktivaatio  viruksesta  ei ehkä  kaikilla   positiivisilla  tee keuhkoon näkyvää tai tuntuvaa   muutosta. Voi ajatella, että  tämä heksosaminisynteesitien ylipaisuminen   ei ole edes viruksen säädeltävissä sitten kun se on alkanut sytokiinimyrskyssä .   Arveltavaa on, että virus haluaisi vääntää  glukoosiaineenvaihdunnan pentoositielle replikaation edistämiseksi ja muutenkin  aminohappojen ja nukleotidien   synteesiin  kiivaassa translaatiossaan.  Tietysti se tarvitsee energia-aineitakin.  Tietysti  tuollainen alkionaalinen geelinen  miljöö voi olla  viruksen ohjelmalle kuitenkin suojaa antava, vaikkei  varsinainen rakennusaine.  Post-covid -vaiheessa vain tulee mieleen, että  taitaa olla monilla merkkejä keuhkossaan sars-2 infektion käymisestä, mutta sille tyyppillistä taudinkuvaa tai  post-infektiöösiä keuhkostatusta ei kaiketi ole vielä  yleisesti luokiteltu. Akuutit muutokset ovat olleet  vaikea-asteisessa taudissa  suorastaan  harvinaisen pahoja ja ihmetystä herättäviä. .   Täytyy selata, jos löytyy netistä jälkitaudista   yleisesti   luokiteltavia muutoksia. Yleisiin keuhkokuvauksiin ei maailman resurssit ja voimat  mitenkään  koostu vielä. Tässä ihmiskunnan helpotuksen huokauksen ja lepovaiheen  hiljaisessa latenssissa voi kuitenkin tapahtua  koko ajan eteneviä keuhkomuutoksia kuten fibroosia tai  solutason  priorisoitumista  pahanlaatuisiksi soluiksi tms.  Pitäisi olla minimaalista  ja kostekonomista ( kuten ruotssalainen sanoo)  rutiinia katsoa keuhkostatus, jos  henkilöitä ilmenee poliklinikoille  pandemian jäteoireiden kanssa. Ehkä   pelkkä PEF- tutkimus jo antaa jotakin tietoa, jos on  vertausarvoja. BCG rokotuksen olemassolo myös pitäisi ajatella. Maailman kuitenkin ollessa näin kallellaan vielä tuon  Ukrainan sodan takia, ei liene mitään mahdollisuuksia tehdä isoja seulontakokeita. Toivottavasti  tuberkuloosit kuitenkin  saadaan selville. Niitäkin pikku hiljaa on enenemään päin pakoloisten liikehdinnän takia.  Toisin paikoin maailmaa on niin kurjaa, että tubi lisääntyy. Se on kurjuuden ja  aliravitsemuksen  tauteja. Kun katsoo  venäläisten kiduttamia  ennen hyväkuntoisia  sotilaita, voi arvata, miten paljon  meille näkymätöntä kurjuutta  sota on siellä   tekemässä ja ylläpitää nytkin. Siitä kylväytyy koko maailmaan lisää tauteja. Venäjä itse saa niitä niskoihinsa ensiksi ajan mittaan. Muilla onkin WHO:n  suositukset  kaikesta tiedossa ja hyvä tahto  tehdä niiden mukaan. 

Ja nyt asiaan:

HEXOSAMINIEN BIOSYNTEESITIEN  vikasäätymisessä toimii mm  IRF-5.  Koska minulla on siitä hyvin vähän tietoa, otan ensin IRF-perheen luettelosta jotain  tietoa esiin.

 Siteeraamani artikkelin otsikossa mainitsen IRF molekyylit,  inteferoneja säätelevien tekijöiden yhden ryhmän.  Tuossa hexosaminibiosynteesitien  modifioinnissa mainitaan IRF5, IKK, NFkB, TNFalfa , myD88  reseptorisignalointi, ER-stressi ja UPR-tekijöitä, OGT ja entsyymit  HBP-synteesin ja glykolyysitien  yhtymäkohdasta. Mihin tällä kartalla  pystyy vaikuttamaan hexosaminitien  kiihtyneen synteesin vähentämiseksi, en tiedä tällä hetkellä.  Tietysti  tärkeää  infektion välttö, rokottautumiset ja yleiset pandemian varalta annetut säädökset. 

Koetan hakea vain  lähdekuvia, jossa näkyisi usea tekijä.  Löydän  "IRF-kunnan", jossa on 9 tekijää. Ne ovat erikoistuneet omiin tehtäviinsä luonnollisessa immuunivasteessa. IRF-5, josta etsin nyt tietoja on rakenteeltaan hieman muista eroava pituutensa takia.

https://www.spandidos-publications.com/10.3892/ol.2012.1051 Introduction

The original identification of the first member of the interferon (IFN) regulatory factor (IRF) family, IRF-1, was followed by additional studies on type I IFN and IFN-inducible genes in the IFN system, which is referred to as ‘the IRF kingdom’. The mammalian IRF family of transcription factors is comprised of 9 members: IRF-1, -2, -3, -4/PIP/LSIRF/ICSAT, IRF-5, -6, -7, -8/ICSBP and -9.

 https://www.spandidos-publications.com/article_images/ol/5/2/OL-05-02-0417-g00.jpg

IRFs contain an amino-terminal DNA binding domain (DBD) which is characterized by a series of five well-conserved tryptophan-rich repeats (w). The DBD forms a helix-turn-helix domain and recognizes a DNA sequence similar to the IFN-stimulated response element (A/GNGAAANNGAAACT) (5). The carboxyl-terminal regions of IRFs are less well-conserved and mediate interactions with additional IRF members, transcription factors and cofactors, conferring specific activities upon each IRF (Fig. 1)  

Although IRFs were first characterized as transcriptional regulators of type I IFNs and IFN-inducible genes, more recent studies indicate that this family is important for the regulation of oncogenesis beyond the IFN system. 


 Figure 1. - Structure of IRFs. All IRFs contain an amino-terminal DNA binding domain (DBD) that is characterized by a series of five well-conserved tryptophan-rich repeats (grey) and a regulatory domain (yellow). The DBD forms a helix-turn-helix domain and recognizes a DNA sequence similar to the IFN-stimulated response element. The majority of IRFs also contain an IRF-association domain (IAD) of type 1 (IAD1) or type 2 (IAD2). Specific IRFs contain repression domain(s) (red) and a nuclear-import signal(s) (black). For IRF-1, 3, 5 and 7, the mark of red arrows show that activity depends on phosphorylation. The number of amino acids of each IRF is indicated. IFN, interferon; IRF, IFN regulatory factor.

  • (Kommentti. Suomennosta:  IRF-peptidin rakenne: Kaikilla niillä on N-päädyssään eli aminoterminaalissaan  DNA:ta sitova domeeni (DBD) (, joka on kuvassa  harmaa)  ja säätelyllinen domeeni (keltainen). DNA:ta sitova domeeni (DBD) on    helix-kääntymä-helix-muotoinen (coiled  coil)   ja tunnistaa   DNA-sekvenssiä, joka  on interferonille stimuloituvan vaste-elementin (IRE)  kanssa samanlainen. Useimmilla IRF-peptideillä on myös IRF-assosiaatiodomeeni 1 tai 2  (IAD1, IAD2) Spesifisillä IRF-proteiineilla on repressiodomeeninsa (punainen) ja  tumaan kuljettava signaali (NLS) (musta).  Seuraavista,  IRF-1, IR-3, IRF-5 ja IRF-7, mainitaan niiden punaisen merkin  tarkoittavn, että  niiden aktiivisuus riippuu fosforylaatiosta. Päädyssä on peptidin aminohappojen lukumäärä mainittuna.  IFN = interferoni. IRF =  interferonin säätelytekijä.
  • IRF-1 mainittiin IRF-perheen  ensimmäisenä jäsenenä, joka saatiin eristettyä siksi,  koska sillä oli affiniteettia IFN beetan promoottoriin. Interferoni, dsDNA,  sytokiinit ja spesifiset hormonit indusoivat sen muodostusta. Indusoitunut IRF-1   aktivoi kohdegeenejä, mikä johtaa  soluproliferaation estymiseen ja solun apoptoosin stimuloitumiseen, mikä vähentää onkogeenisyyden mahdollisuuksia. Lisäksi sillä on osuutta NK.solujen  kehittymiseen sekä  Th1 ja  CD8+ T solujen  erilaistumiseen. .
  • IRF-2 kiinnittyy samaan DNA-sekvenssiin kuin IRF-1, mutta säätää alas IRF-1 kohdegeenit tai estää niiden aktivoitumisen. On kertyvää  näyttöä siitä, että IRF-1 on antionkogeeninen ja IRF-2 onkogeeninen luonteeltaan. 
  • IRF-4 on tutkittu onkogeenisyyden suhteen ja onkogeneesiä on  raportoitu  EBV viruksen transformoimissa imusoluissa ja HTLV-1 viruksen indusoimassa leukemogeneesissä. 
  •   Mutta IRF-4 yksinään  ei pystynyt  aihuttamaan onkogeneesiä   transgeenisessä hiiressä, jonka imusolut  ilmensivät ylimäärin  IRF-4  interferoni- säätelijää.   Mahdollisesti IRF-4 säätelee  solukasvua kohdentamalla  vaikutusta EBV-transformaation aikana pro-apoptoottiseen IRF-5-interferonisäätelijään.
  •  IRF-8 interferonisäätelijän on huomattu ilmentävän tuumorinvastaista aktiivisuutta solukasvun erilaistumisen ja apoptoosin suoralla kontrollilla ja  tuumorinvastaista immuniteettiä moduloimalla. 
  • IRF-6 saattanee myös toimia tuumorisuppressorina maspin-interaktionsa takia. Maspin on eräs tuumorisuppressorigeeni. 
  • IRF-perheen jäsen IRF-7 välittää  EBV transformaatioprosessia  EBV-virukseen assosioituvan lymfooman patogeneesissä, mikä on viite   tämän IRF-jssenen onkogeenisestä luonteesta

IRF-1 was the first member of the IRF family to be isolated by virtue of its affinity to specific DNA sequences in the IFN-β promoter (7). The molecule is markedly induced by IFN, double-stranded RNA (dsRNA), cytokines and specific hormones. Induced IRF-1 activates target genes leading to inhibition of cell proliferation and stimulation of cell apoptosis (5) .IRF-2 binds to the same DNA sequences as IRF-1 but downregulates or blocks the activation of IRF-1 target genes. Accumulating evidence indicates that IRF-1 and IRF-2 have antioncogenic and oncogenic potentials, respectively (6).  A correlation between IRF-4 and oncogenesis has also been reported in Epstein-Barr virus (EBV)-transformed lymphocytes and HTLV-1-induced leukemogenesis (8,9).  Notably, IRF-4 alone is not sufficient for oncognesis in transgenic mice overexpressing IRF-4 in lymphocytes.  IRF-4 may regulate cellular growth by targeting pro-apoptotic IRF-5 during EBV transformation.  In addition, IRF-8 has been revealed to exhibit antitumor activity through direct control of cell growth, differentiation and apoptosis and modulation of antitumor immunity (12).  IRF-6 may also act as a tumor suppressor via its interaction with maspin, a tumor suppressor gene (13).  An additional member of the IRF family, IRF-7, mediates the EBV transformation process in the pathogenesis of EBV-associated lymphomas indicative of oncogenic properties (14). 



Inga kommentarer: